科学使用防治药剂
在有机食品加工中，允许使用以维生素D为基本有效成分的杀鼠剂，且可使用有机产品标准的第1部分附录B中的物质。
以维生素D为基本有效成分的杀鼠剂可让老鼠吸收维生素D过量，使钙盐广泛沉积于老鼠全身的各组织器官。而钙是许多凝血酶原的激活剂，钙的过量会促进凝血过程，使老鼠出现各种症状，导致老鼠死亡，且不会产生化学鼠药的二次污染。
在有机加工的有害生物防治措施中，允许使用有机产品标准第1部分附录B中的物质，即有机作物种植允许使用的植物保护物质，应该说这也是比较宽松的，因为，在有机作物种植中允许使用的植保物质很多，如各类植物制剂杀虫剂、驱避剂、石灰、硫磺、微生物制剂等。
采用合理熏蒸措施
据环保部有机食品发展中心的专家称，在有机食品加工或贮存场所遭受有害生物严重侵袭的紧急情况下，提倡使用中草药进行喷雾和熏蒸处理；限制使用硫磺。
如果必须使用常规熏蒸剂对有机食品加工设备或贮存场所实施熏蒸，则须先将有机产品及其原料移出熏蒸场所；熏蒸后至少经过5天，才可将有机产品移回经过熏蒸的场所。禁止使用持久性和致癌性的消毒剂和熏蒸剂。
有机加工与贮藏场所在紧急情况下，允许使用中草药喷雾和熏蒸，也允许有限制地使用硫磺熏蒸，这是指原料、半成品或产品在场的情况下可采用的措施。而允许用常规熏蒸剂实施熏蒸的前提是在熏蒸前，必须将所有的有机原料、半成品或产品移出车间、仓库等接受熏蒸的区域，并将它们转移到安全区域，然后才能对车间、仓库等熏蒸；熏蒸后要经过5天，待熏蒸剂挥发了，才允许将原料、半成品或产品搬回原处。且所用的熏蒸剂不能是有持久残留性和致癌性的农药或消毒剂。
